裴仁基是隋末唐初將領，字德本，河東郡人氏。他出生名門官宦之家，父親是上儀同裴定，祖父是北周驃騎大將軍裴伯鳳。

裴仁基最早的時候，跟在隋文帝身邊，擔任侍衛。后來隋文帝出兵攻打陳朝和吐谷渾等，裴仁基自請出征，立下無數戰功，因此被封為儀同，后來被封到漢王楊諒王府為侍衛。

隋文帝去世之后，將皇位傳給隋煬帝楊廣，楊諒十分不滿，因此有心反叛。裴仁基得知此事后，多次苦苦相勸，楊諒不聽，執意出征。后來裴仁基因為阻止楊諒反叛，而被關押進大牢之中。

楊諒反叛被鎮壓后，隋煬帝得知裴仁基所為，對他大加夸獎，升他為護軍。蠻賊向思多反叛，裴仁基武賁郎將的身份跟隨李景出征，后因戰功升任銀青光祿大夫。

裴仁基后來又先后參加對吐谷渾和靺鞨的作戰，由銀青光祿大夫升為金紫光祿大夫到左光祿大夫。隋煬帝好大喜功，發動對高麗的作戰。裴仁基跟隨隋煬帝遠征高麗，升光祿大夫。

大業十二年，隋煬帝巡幸江都。程咬金等人在瓦崗起義，由李密帶領占據洛口，堵住了隋煬帝北歸的道路。

朝廷任命裴仁基為河南道討捕大使，據守虎牢以抵抗李密。裴仁基率領士兵與李密死死對抗，期間俘虜殺死了不少李密的人馬。同時己方士兵也十分疲勞，作戰越來越不順心。

為了鼓舞士氣，也為了獎勵士兵，裴仁基將戰爭所得的一些戰略物資，全部都分給下方將士，作為獎賞。但是當時身為監軍御史的蕭懷靜卻并不同意，士兵們因此對蕭懷靜多有怨恨。犯了眾怒，蕭懷靜總不能全都給處罰了，所以他就此恨上了提出這個想法的裴仁基。

在此后的多次作戰之中，蕭懷靜經常向朝廷彈劾裴仁基，說了他不少壞話。盡管裴仁基沒有被處罰，但是在朝廷里的觀感卻越加不好。

后來在洛口倉城之戰時，裴仁基誤期未到，被蕭懷靜抓住把柄。一邊害怕被李密打敗，一邊又害怕朝廷治罪，裴仁基陷入兩難。

李密得知之后，就派人去勸說裴仁基投降。裴仁基認為自己繼續待在隋朝絕對沒有好下場，因此就順勢投了李密，加入瓦崗寨陣營。

裴仁基入瓦崗之后，受到李密重用，封為為上柱國、絳郡公。裴仁基一來就殺死蕭懷靜，立下大功。后來又參加了許多戰役，包括對王世充的作戰，裴仁基戰功赫赫。

武德九年的時候，王世充走投無路，于是就干脆破釜沉舟，準備與李密決一死戰。李密接到邀戰書，前往詢問裴仁基的意見。

裴仁基認為王世充將所有精銳部隊帶出，前來決戰，那么洛陽定然十分空虛，如果能虛晃一槍，將大部分兵力派去收復洛陽，定然能有大收獲。

李密沒有聽從裴仁基的建議，與王世充決一死戰，最后戰敗逃亡。裴仁基被王世充部隊俘虜，后被王世充封為禮部尚書。

裴仁基的兒子裴行儼也隨父親一同降服王世充，王世充對他們十分禮遇，將侄女嫁給了裴行儼。但是隨著父子兩人的功績越大，王世充越發不安心，后來有了猜忌和殺心。

裴仁基得知消息之后，心中不安，最后走上了暗殺王世充的道路。最后失敗被捕，處以死刑。