后崇禎皇帝自盡，明朝滅亡，馬士英、阮大鋮等人在南京擁立福王登基，建立宏光政權(quán)，史稱南明朝，當時閑居在家的錢謙益前往依附，位居禮部尚書。

清朝入關(guān)，橫掃明朝勢力，兵臨城下，南明朝覆滅，錢謙益選擇了依附清朝，入清廷為禮部侍郎。明史說他至啟、禎時，準北宋之矩矱。不過因為明史是清朝編著，因此其評價帶有一定的偏頗性，因而這個評價只能作為參考，而不能全信。

明萬歷十年，錢謙益在蘇州府常熟縣鹿苑奚浦出生，自幼聰慧，學有所成。萬歷二十六年，尚且只有十七歲的錢謙益，成為了17歲成為府學生員。十二年后，二十九歲的錢謙益參加進士試，高中為一甲三名進士，授翰林院編修。同年，父親錢世楊去世，回鄉(xiāng)丁憂守制。

天啟元年，錢謙益任浙江主考官，轉(zhuǎn)右春坊中允，參與修《神宗實錄》。然而作為浙江主考官的錢謙益，在這一年卻遇到了作為一個考官最不想面對的問題，那就是舞弊。當年浙江考場發(fā)生了嚴重的科舉舞弊案件，事態(tài)嚴重，作為主考官的錢謙益牽連其中，遭到罰俸的處分。天啟二年，稱病告假，辭官歸鄉(xiāng)。

兩年后，錢謙益再度入朝為官，為禮部侍郎，主要負責《神宗實錄》的編纂工作，為東林魁首。明末之時閹黨橫行，專政擅權(quán)，將朝政搞的一塌糊涂，政治黑暗不堪。當時自稱清流一派的東林黨，與閹黨形成敵對之勢，兩者間明爭暗斗無數(shù)。因為閹黨大多都是天子近臣，而明末的皇帝多數(shù)都帶著那么點不務(wù)正業(yè)的特點，因此很多事情都交給閹黨去做。皇帝與閹黨有一種親密關(guān)系，且多聽信閹黨讒言，因而在兩派斗爭中，東林黨大多數(shù)都處于劣勢，很多東林黨官員都遭受到閹黨的打擊排擠。錢謙益作為東林黨主要領(lǐng)袖之一，自然是閹黨打擊的重要對象。當時錢謙益受到以魏忠賢為首的閹黨的排擠，于天啟四年被革職回鄉(xiāng)。

天啟帝去世之后，信王登基，改元崇禎。崇禎帝一上臺，便將矛頭對準閹黨，暗自蓄力，終于一舉將以魏忠賢為首的派系清除干凈。在崇禎元年的時候，錢謙益再度復出任禮部侍郎、翰林侍讀學士，遭溫體仁、周延儒排擠，被革職。此后，錢謙益好似歇了入仕的心思，在家鄉(xiāng)閑散居住。

閑居在家的錢謙益，與秦淮名妓柳如是相識，并最終在他五十九歲的時候，抱得美人歸，將23歲的名妓柳如是娶回家中。據(jù)說當時錢謙益當時對柳如是鐘情不已，欽佩她的才華與性情嗎，娶柳如是時許以的是正妻之位。兩人的婚姻在當時受到了許多的非議，不過錢謙益全然不理，還在虞山為柳如是蓋了壯觀華麗的絳云樓和紅豆館，金屋藏嬌。

崇禎十七年，李自成攻破北京，崇禎帝自縊身亡，明亡。在柳如是的資助下，錢謙益在南明朝廷謀了一個禮部尚書的官職。后來清軍南下，兵臨南京城，眼看明朝即將覆滅，頗具民族節(jié)氣的柳如是勸說錢謙益與自己一同殉節(jié)。錢謙益不僅自己沒有自縊殉節(jié)，還將一心殉節(jié)的柳如是拉住。

清軍入城之時，錢謙益帶著一干官員剃發(fā)降清，做了清朝的臣子。時人有詩錢公出處好胸襟，山斗才名天下聞。國破從新朝北闕，官高依舊老東林。 清廷任其為禮部右侍郎，北上充修《明史》副總裁，柳如是則留居南京，堅決不入北京。

清康熙三年，錢謙益八十三歲高齡去世，葬于虞山南麓。